实时定量PCR 引物设计的问题,
来源:学生作业帮 编辑:拍题作业网作业帮 分类:生物作业 时间:2024/06/10 19:43:11
实时定量PCR 引物设计的问题,
进行Blast后找出一堆序列,请问保守区域是如何找的呢?我以前是先排列,然后在Ugene打开的文件中25个25个的比对,找不匹配小于3个碱基的片段.
进行Blast后找出一堆序列,请问保守区域是如何找的呢?我以前是先排列,然后在Ugene打开的文件中25个25个的比对,找不匹配小于3个碱基的片段.
请用primer express设计就行.你想去找非常保守的区域设计引物?可以,那你把这个物种的所有亚种的此段DNA序列做一个保守型分析就行.一般来说clustal X就可以了.
再问: Clustal X排列后仍然不行的,非常乱,结果难于直接用。我一般Blast到30-50个左右的序列。
再答: 哎……其实我平时做定量就没有搞得这么复杂,为什么一定要在保守区设计呢?难道你没有此物种的DNA序列?
再问: 我做的不是对某一物种进行定量分析,如果这样就简单了,是对某一群体比如一个属,一个科,一个目进行定量分析。
再答: 哦,这样的啊。好像还有个网站可以做保守型分析http://weblogo.berkeley.edu/logo.cgi。你试试?PS:明天就是世界末日了,过了世界末日再说。
再问: ……因为环境微生物往往不是某一种微生物起作用,而一个群体起作用,比如地杆菌属。
再答: SO?
再问: Clustal X排列后仍然不行的,非常乱,结果难于直接用。我一般Blast到30-50个左右的序列。
再答: 哎……其实我平时做定量就没有搞得这么复杂,为什么一定要在保守区设计呢?难道你没有此物种的DNA序列?
再问: 我做的不是对某一物种进行定量分析,如果这样就简单了,是对某一群体比如一个属,一个科,一个目进行定量分析。
再答: 哦,这样的啊。好像还有个网站可以做保守型分析http://weblogo.berkeley.edu/logo.cgi。你试试?PS:明天就是世界末日了,过了世界末日再说。
再问: ……因为环境微生物往往不是某一种微生物起作用,而一个群体起作用,比如地杆菌属。
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